A constipação intestinal, na grande maioria das vezes, é de causa funcional por distúrbio da motilidade intestinal, e não determinada unicamente por problemas emocionais. Na verdade, estes podem exacerbar o quadro.
Algumas doenças orgânicas também podem levar a constipação intestinal como o megacolon congênito (doença de Hirschsprung), hipotireoidismo, estenose retal e ânus anteriorizado.